LRZ-Mitteilungen Oktober 1999

Verteiler für dieses Rundschreiben

Diese Mitteilungen sind im Benutzerarbeitsraum und in der Anmeldung im LRZ-Gebäude sowie an den Außenstationen des LRZ erhältlich und über

http://www.lrz-muenchen.de/services/schriften/rundschreiben/

abrufbar. Sie werden auch an alle Lehrstühle der Münchner Hochschulen sowie an alle anderen bayerischen Hochschulen versandt. Übersichten über die Netzbenutzung am LRZ sind über

http://www.lrz-muenchen.de/services/netz/statistik/

erhältlich.

 

Einige wichtige Telefonnummern:

Herausgeber: Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften

Anschrift: Leibniz-Rechenzentrum
der Bayerischen Akademie der Wissenschaften
Barer Straße 21
D-80333 München

Telefon: (089) 289-28784
Telefax: (089) 280 9460
E-Mail: lrzpost@lrz.de

Redaktion:

Dr. Michael Wiseman
Wolfgang Beyer
Dr. Helmut Richter

 

Termine, Veranstaltungen, Allgemeines

Termine

Weitere Informationen zu folgenden Terminen finden Sie in den Beiträgen der vorliegenden bzw. der angegebenen Mitteilungen:

02.12.1999	Firmenpräsentation: MSI´s Life Science
06.12.1999	Informationsveranstaltung zum Thema "GoLive 4.0" der Firma Adobe Systems GmbH
09.12.1999	Hochleistungsrechnergespräch
31.12.1999	Außerbetriebnahme des 9-Spur-Magnetbandgeräts
31.12.1999	Ende der Unterstützung für X.400 Mails (siehe die LRZ-Mitteilungen Nr. 4 vom August 1999)
31.12.1999	Ende der Unterstützung für ältere Versionen von SPSS (siehe den Beitrag SPSS: Neue Lizenzcodes und – bedingungen in den LRZ-Mitteilungen Nr. 3 vom Juni 1999)
31.12.1999	Endgültiger Ablauf der Möglichkeit, das Jahr-2000-Problem in den Griff zu bekommen! (siehe Beitrag Zum Jahr-2000-Problem in den LRZ-Mitteilungen Nr. 4 vom August 1998)
20.01.2000	Kurs: Einführung in das Statistikpaket SYSTAT

 

Beachten Sie bitte auch unser aktuelles Kursangebot! Siehe dazu die LRZ-Mitteilungen Nr. 4 vom August 1999 bzw.http://www.lrz-muenchen.de/services/schulung/kurse_ws2000/

Verlängerung der DV-Projekte am LRZ für das Jahr 2000

Die Berechtigung zur Nutzung von LRZ-Systemen (mit persönlichem Login) wird im Rahmen eines DV-Projekts erteilt, das von der jeweiligen Einrichtung jährlich verlängert werden muss.

Ein DV-Projekt am LRZ ist als organisatorischer Rahmen notwendig, wenn Angehörige einer Einrichtung oder von dieser Einrichtung betreute Studenten LRZ-Rechner (etwa im Rahmen von Diplomarbeiten) benutzen möchten, für die ein persönliches Login erforderlich ist. Dagegen sind die allgemeinen Dienstleistungen des LRZ – wie Beratung in DV-Fragen, Beschaffung von Software oder Versand der LRZ-Mitteilungen – nicht an die Existenz eines DV-Projekts gebunden. Die Verlängerung von so genannten Studentenkennungen, die vom LRZ direkt vergeben werden, ist von dieser Aktion für DV-Projekte nicht betroffen und erfolgt unabhängig davon jeweils semesterweise.

Die Aufforderung zur Verlängerung für das Jahr 2000 wird in den nächsten Wochen an die Leiter der jeweiligen Einrichtungen verschickt; die derzeitigen Master User werden per E-Mail davon verständigt. Auf eine wichtige Änderung/Vereinfachung sei explizit hingewiesen: Die Verlängerungsunterlagen enthalten nicht mehr für jedes Projekt die beiden Blankoformulare Benutzungsantrag und DV-Projektbeschreibung sowie eine separate Übersicht der am LRZ gespeicherten Daten, sondern nur noch ein einziges Blatt "Verlängerung des Projekts ...", das vom LRZ bereits mit den ihm bekannten Daten ausgefüllt ist. In vielen Fällen wird es daher genügen, wenn der Leiter der Einrichtung und der jeweilige Master User dieses vorbereitete Blatt unterschreiben und an das LRZ zurücksenden.

Beachten Sie bitte, dass Benutzerausweise nur dann notwendig sind, wenn die betreffenden Benutzer Schriften oder Software im LRZ-Benutzersekretariat erwerben oder ausleihen möchten und nicht über einen Studenten- bzw. Dienstausweis verfügen. Dagegen ist es weiterhin unbedingt erforderlich, dass der jeweilige Master User bei der Vergabe einer persönlichen LRZ-Kennung das Formblatt "Erklärung des Endbenutzers" ausfüllen und unterschreiben lässt. Diese Formblätter werden in geringer Anzahl mit den Verlängerungsunterlagen versandt und können kopiert werden. Sie können auch formlos beim LRZ-Benutzersekretariat bzw. beim Betreuer angefordert werden; außerdem sind sie online abrufbar:

http://www.lrz-muenchen.de/wir/kennung/

Was geschieht, wenn ein Projekt nicht verlängert wird?

Nutzer von LRZ-Hochleistungssystemen (VPP700, IBM SP2, Cray T90) werden ab Anfang Dezember beim Login gewarnt; ab Anfang des neuen Jahres sind dann jedenfalls keine Batchjobs mehr möglich. Nutzer anderer LRZ-Plattformen erhalten Anfang des Jahres einen entsprechenden Hinweis per Mail; ab Anfang März wird generell kein Login mehr zugelassen. Davon betroffene Nutzer sollten sich umgehend an ihren Master User wenden.

Paul Sarreither
E-Mail:Sarreither@lrz.de

 

Hochleistungsrechnergespräch

Beim halbjährlichen Hochleistungsrechnergespräch des LRZ werden Fragen in Zusammenhang mit dem Betrieb der Hochleistungsrechner am LRZ (IBM SP2, Fujitsu VPP, Cray T90) diskutiert. Alle jetzigen oder zukünftigen Nutzer der Hochleistungsrechner sind zu diesem Gespräch eingeladen.

Diesmal werden folgende Themen im Vordergrund stehen:

•  

• Hintergrundinformationen zum neuen Höchstleistungsrechner in Bayern (siehe auch Beitrag Bundeshöchstleistungsrechner Hitachi SR 8000 F1 in diesem Rundschreiben)

•  

• Zukünftige Ausstattung am LRZ für Visualisierung, Datenauswertung und Virtual Reality

•  

• Diskussion, Wünsche und Anregungen der Benutzer

Datum: Donnerstag, 9. Dezember 1999

Zeit: 9:00 Uhr

Ort: Barer Straße 21,

LRZ-Seminarraum 2. OG (S2534)

Matthias Brehm
E-Mail: Brehm@lrz.de

 

Informationsveranstaltung zum Thema "GoLive 4.0"
der Firma Adobe Systems GmbH

WWW-Seiten zu erstellen ist "zu Fuß" ein äußerst mühseliges Unterfangen. Auch wenn man für die Bearbeitung von WWW-Seiten HTML (Hypertext Markup Language) kennen und können sollte, wird kaum jemand WWW-Seiten erstellen wollen, indem er HTML direkt über einen einfachen Texteditor eingibt. Die Verwendung entsprechender Tools erleichtert einem diese Aufgabe ganz enorm.

Eines dieser Tools ist GoLive von Adobe Systems, das mittlerweile in seiner neuen Version 4.0 verfügbar ist und dessen Stärken und Fähigkeiten uns die Firma Adobe in einer Informationsveranstaltung vorstellen will. Diese Veranstaltung findet in unserem Hause statt:

Termin: am Montag, den 6. Dezember 1999

Zeit: von 14:00 bis ca. 16:00 Uhr

Ort: Seminarraum (S3532, 3. OG) des LRZ.

Folgende Themen sollen behandelt werden:

1.  

2. Kurze Einführung: Neue Produkte und Technologien von Adobe

3.  

4. Adobe GoLive 4.0

1.  

2. Fragen und Diskussion

Sie finden diese Informationen auch unter

http://www.lrz-muenchen.de/services/schulung/veranstaltungen/adobe-golive/

Noch ein Hinweis: Quasi im Anschluss an diese Veranstaltung findet in der Zeit von Dienstag, 7.12.99, bis Donnerstag, 9.12.99, jeweils von 14:00 bis 18:00 Uhr unser Kurs Veröffentlichen im WWW – Einführung in HTML 4.0 statt. Eine Übersicht über die Kurse des LRZ finden Sie unter

http://www.lrz-muenchen.de/services/schulung/kurse-ws2000/

Ulrich Edele/Rainer Oesmann
E-Mail: Edele@lrz.de

Firmenpräsentation: Molecular Simulations Inc. (MSI)

Die Firma MSI stellt die von ihr vertriebenen Programme zur Molekül-Visualisierung, Modellierung und Charakterisierung vor. Der Schwerpunkt wird auf einer Darstellung der Möglichkeiten des Visualisierungsprogrammpakets Insight II 98.0 liegen, das auch am LRZ angeschafft werden soll.

Agenda:

Allgemeine Einführung

 

Überblick über Protein- und Homologymodeling sowie Proteincharakterisierung

Proteine sowohl in ihrer Struktur als auch ihrer Funktion zu verstehen, spielt in den Labors der pharmazeutischen und biotechnologischen Industrie sowie im akademischen Umfeld eine entscheidende Rolle bei der Entdeckung von neuen Targets für die Wirkstoffforschung. Molecular Simulations Inc. (MSI) ist der führende Anbieter von computergestützten Technologien in diesem Bereich. Die Bandbreite der von MSI angebotenen Technologien reicht von Protein Bioinformatics über Protein Design, Simulation, Charakterisierung und Structure-based Drug Design bis zur Strukturaufklärung von Proteinen anhand von Daten aus NMR- und Röntgenmessungen.

Überblick über MSI´s Rational Drug Design & Kombinatorische Chemie-Software

In der akademischen und industriellen Wirkstoff-Forschung gehören heute Methoden des Rational Drug Designs und der kombinatorischen Chemie zum Alltag. Eine nahtlose Integration der verschiedenen Techniken ist zwingend notwendig, um die vorhandenen Synergien vollständig ausnutzen zu können. Das Produktangebot von MSI umfasst ein breites Spektrum an Software-Lösungen für Rational Drug Design und kombinatorische Chemie, wie de novo Ligand Design, virtual Screening, QSAR, Pharmacophoric Pattern Recognition, Genetic Function Approximation und Decision Tree Optimierungen.

Mittagspause

"Hands-On sessions" (2 Anwender pro SGI Workstation)

Zusammen mit einem MSI-Wissenschaftler gehen Sie einzelne Fallbeispiele durch. Dieser praxis-orientierte Teil erlaubt es Ihnen, erste Erfahrungen mit der Software bzw. neuen Modulen dieser Software zu sammeln. Bitte bringen Sie Ihre Moleküle auf Diskette mit oder halten Sie sie zum ftp-Transfer bereit!

Helmut Heller
E-Mail: Heller@lrz.de

Kurs: Einführung in das Statistikpaket SYSTAT

Das Statistikpaket SYSTAT, mittlerweile Teil der Produktpalette der Firma SPSS GmbH, ist ein umfangreiches, bedienungsfreundliches Statistikpaket, das nicht nur die üblichen statistischen Verfahren, sondern auch einige Prozeduren und Statistiken anbietet, die selten oder gar nicht in anderen Standardpaketen zu finden sind (Beispiele: RAMONA-Pfadanalyse; Conjoint Measurement im ursprünglichen, psychometrischen Sinne; Bonferroni-Korrekturen bei Korrelationsmatrizen und einiges andere mehr).

Dieses Paket läuft unter Windows (95, 98, NT) – aber auch am Macintosh, eine Plattform, die sonst seit einigen Jahren von der Firma SPSS Inc. praktisch ignoriert worden ist. Zum Bezug von SYSTAT siehe:

http://www.lrz-muenchen.de/services/swbezug/lizenzen/systat/

Herr Schäfer von der Firma STATCON, die das Paket SYSTAT liefert, hat uns freundlicherweise wieder einen Einführungskurs in SYSTAT angeboten. Dieser Kurs ist wärmstens zu empfehlen!

Schriftliche (per Brief oder auch per E-Mail) Anmeldungen bitte an:

Margret Bezold-Chatwin
Stichwort "SYSTAT-Kurs"
Leibniz-Rechenzentrum
Barer Straße 21
80333 München

E-Mail: Bezold-Chatwin@lrz.de

Michael Wiseman
E-Mail: Wiseman@lrz.de

Am LRZ abzugebende Geräte

Am LRZ werden die unten aufgeführten Geräte nicht mehr eingesetzt bzw. nicht mehr benötigt.

Die Geräte werden an Interessenten aus dem Hochschulbereich oder aus anderen Behörden kostenlos abgegeben. Senden Sie bitte bei Interesse eine Nachricht an die E-Mail-Adresse:

geweg@lrz-muenchen.de

Wir werden dann mit Ihnen Kontakt aufnehmen.

 

Anzahl	Gerät	Jahr der Beschaffung	Erhaltungszustand Bemerkungen
6	X-Terminale von NCD (17- Zoll-Farb-Monitor)	1991	Einsatzfähig
mehrere	HP-QS-20 PCs	1989	Einsatzfähig, 386- Prozessor
mehrere	PCs (Schulz)	1991	Einsatzfähig, 386-Prozessor, 8 MB Speicher, 120 MB Festplatte, Windows 3.11
1	LCD Overhead-Display 640x480 Pixel Auflösung (Schwarz/Weiß)	1992	Einsatzfähig
1	LCD Overhead-Display 800x600 Pixel Auflösung (Farbe)	1994	Einsatzfähig, leichter Rotstich
2	LCD Overhead-Displays 640x480 Pixel Auflösung (Farbe)	1995	Einsatzfähig
1	LCD Overhead-Display 1280x1024 Pixel Auflösung (Farbe)	1996	Einsatzfähig

Alfred Läpple

 

Außerbetriebnahme des 9-Spur-Magnetbandgeräts

Das Lesen bzw. Schreiben von "runden" 9-Spur-Magnetbändern ist nur noch bis 31.12.1999 möglich, da zum Jahresende das Magnetbandgerät außer Betrieb genommen wird. Bitte setzen Sie sich mit mir in Verbindung, falls Sie noch alte Bänder lesen wollen. Alles Wissenswerte über das Magnetbandgerät (Bedienung, Formate usw.) finden Sie unter

http://www.lrz-muenchen.de/services/peripherie/baender/

Sybille Gebauer
Tel.: 289-28730
E-Mail: Gebauer@lrz.de

Stellenangebot

Verwaltungsangestellte

Das Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften sucht zum nächstmöglichen Zeitpunkt

eine Verwaltungsangestellte

für das Vorzimmer des geschäftsführenden Direktors. Englisch und PC-Kenntnisse werden vorausgesetzt. Wir erwarten umsichtiges und selbstständiges Arbeiten. Die Stelle ist auch für Berufsanfänger und Wiedereinsteiger geeignet.

Die Vergütung richtet sich nach BAT. Selbstverständlich gewähren wir alle Sozialleistungen des öffentlichen Dienstes und die Ballungsraumzulage.

Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung bevorzugt.

Interessiert? Dann richten Sie Ihre aussagefähige schriftliche Bewerbung mit allen üblichen Unterlagen bis spätestens 5. November 1999 an:

Für weitere Auskünfte steht Ihnen Frau Binder unter der Tel.-Nr. (089) 289-28758 zur Verfügung.

 

Landes- Campus- und Sammellizenzen

Statistikprogramme am LRZ

Statistikpakete für Macintosh-Plattformen

Seit mehreren Jahren wird das bedienungsfreundliche und wohl bekannteste Statistik-Programm SPSS für Macintosh-Plattformen nicht mehr weiterentwickelt. Daher hatte das LRZ Sonderkonditionen mit der Firma SPSS GmbH vereinbart, die es LRZ-Benutzern erlauben, die inzwischen arg veralteten Mac-Versionen des Programms gegen eine einmalige Gebühr zeitlich unbegrenzt zu benutzen. Diese Möglichkeit besteht ab dem 1.1.2000 nicht mehr, sodass Macintosh-Benutzer auf andere Statistikprogramme werden umsteigen müssen.

Sowohl SAS als auch SYSTAT unterstützen noch die Macintosh-Plattform: Einzelheiten zum Bezug dieser Statistikpakete (beide zwar nicht so verbreitet wie SPSS, jedoch international anerkannt) findet man unter:

http://www.lrz-muenchen.de/services/swbezug/lizenzen/sas/

bzw.

http://www.lrz-muenchen.de/services/swbezug/lizenzen/systat/

Bitte beachten Sie, dass auch in diesem Semester die Firma STATCON einen Kurs zum Programm SYSTAT anbietet: Siehe den Beitrag "Kurs: Einführung in das Statistikpaket SYSTAT" in diesen Mitteilungen!

Linear Structural Relationships

Das allgemeine Modell von Jöreskog, das zunächst als das Programm LISREL realisiert wurde und am LRZ im Rahmen der SPSS-Lizenzvereinbarung erhältlich war, wird inzwischen auch von anderen Programmen unterstützt. Am LRZ sind dies:

•  

• AMOS, das wie LISREL im Rahmen unserer SPSS-Lizenzvereinbarung erhältlich ist: Siehe:

•  

• Das LRZ bietet jedoch eine andere Möglichkeit an: RAMONA, ein Modul des Pakets SYSTAT, unterstützt die gleiche Familie von Modellen. Die hübsche, grafische Oberfläche von AMOS gibt es hier zwar nicht; aber die Steuerung über Befehle ist intuitiv und leicht verständlich: Zum Bezug des Programms siehe

Michael Wiseman
E-Mail: Wiseman@lrz.de

 

Zentrale Systeme

Bundeshöchstleistungsrechner Hitachi SR 8000 F1

Das Leibniz-Rechenzentrum wird im ersten Quartal des Jahres 2000 als Höchstleistungsrechner in Bayern (HLRB) ein Rechnersystem SR 8000 F1 der japanischen Firma Hitachi installieren, das bis zur ersten Jahreshälfte 2002 noch einmal um mehr als die Hälfte weiter ausgebaut werden wird. Damit wird am LRZ bereits in der ersten Ausbaustufe der schnellste Rechner Europas verfügbar sein. Die Entscheidung für diesen Rechner fiel im Sommer 1999 auf der Basis von Benchmarks von aktuellen Hochleistungsrechner-Benutzern unter dem Gesichtspunkt, dass dieses System das größte angebotene Leistungspotential für realistische Anwendungen erwarten lässt.

Abb. 1.:So sieht der neue HLRB in der ersten Ausbaustufe aus. Die Maschine ist 8.0 m lang, 3,3 m breit und 1,8 m hoch; nicht gezeigt sind hier die Festplatten-Schränke, die noch eimal eine Fläche von 65 Quadratmetern benötigen.

Das neue System enthält in der ersten Ausbaustufe 112 Pseudo-Vektor-Knoten, die aus jeweils 8 effektiv nutzbaren CPUs bestehen. Jeder Knoten liefert eine Peak-Performance von 12 GFlop/s und verfügt über 8 GByte Hauptspeicher; vier Knoten sind sogar mit 16 GByte Hauptspeicher ausgestattet. Damit ergibt sich eine Spitzenrechenleistung von 1.3 TFlop/s. Die Knoten sind über einen dreidimensionalen Crossbar miteinander verbunden, der eine Bandbreite von 950 MByte/s zwischen jeweils zwei Knoten und eine Latenz (das ist die Verzögerung der ersten zwischen zwei Knoten versendeten Nachricht) von 19 Mikrosekunden gewährleistet. Weitere Details zur Ausstattung des HRLB – insbesondere auch in der zweiten Ausbaustufe – sind in einer Tabelle im nächsten Abschnitt angegeben.

Die Nutzung des HLRB soll Projekten aus ganz Deutschland ermöglicht werden, deren Durchführung einerseits aus wissenschaftlichen Gründen dringend geboten ist, andererseits auf allen sonst zur Verfügung stehenden Plattformen nicht möglich wäre. Im Unterschied zu den bislang am LRZ vorhandenen Hochleistungsrechnern kann daher den bayerischen Hochschulen kein genereller Zugang gewährt werden, sondern die Zuteilung von Ressourcen erfolgt projektbezogen (und bundesweit) über ein Gutachtergremium. Schwerpunktmäßig werden auf dem HLRB gut vektorisierende Programme bevorzugt, jedoch ist die Architektur der SR 8000 F1 flexibel genug, dass sie auch als MPP-System ("massiv-paralleler Prozessor") genutzt werden kann.

Hardware-Ausstattung der SR 8000 F1

In der folgenden Tabelle sind für beide Ausbaustufen Details zur Hardware-Ausstattung des HLRB angegeben.

 

	Anfangskonfiguration 2000	Endausbau 2002
Anzahl der SMP-Knoten	112	168
Prozessoren pro Knoten	8 (COMPAS, 9 physisch)	8 (COMPAS, 9 physisch)
Spitzenrechenleistung eines Prozessors	1.5 GFlop/s	1.5 GFlop/s
Spitzenrechenleistung eines Knotens	12 GFlop/s	12 GFlop/s
Spitzenrechenleistung des Gesamtsystems	1344 GFlop/s	2016 GFlop/s
erwartete Effizienz (aus den LRZ-Benchmark-Programmen)	> 400 GFlop/s	> 600 GFlop/s
im ungünstigsten Fall aus dem Hauptspeicher saturierbare Rechenleistung	163.5 GFlop/s	> 244 GFlop/s
Hauptspeicher pro Knoten	8 GByte (etwa 6.5 GByte nutzbar) 4 Knoten mit je 16 GByte	8 GByte (etwa 6.5 GByte nutzbar) 4 Knoten mit je 16 GByte
Hauptspeicher des Gesamtsystems	928 GByte	1344 GByte
Plattenspeicher für Home-Directories (/home)	370 GByte	556 GByte
Aggregierte Bandbreite zu /home	> 400 MByte/s	> 600 MByte/s
Bandbreite zu /ptmp	> 1.9 GByte/s	2.4 GByte/s
Plattenspeicher für temporäre Dateien (/tmp)	1.8 TByte	2.2 TByte
Aggregierte Bandbreite zu /tmp	2 GByte/s	3 GByte/s
Kommunikationsbandbreite zwischen zwei Knoten unidirektional (bidirektional verfügbar) mit MPI	950 MByte/s (Hardware: 1 GByte/s).	950 MByte/s (Hardware: 1 GByte/s).
Kommunikationskapazität des Gesamtsystems (unidirektionale Bisection Bandwidth) mit MPI	43 GByte/s (Hardware: 56 GByte/s)	57 GByte/s (Hardware: 75 GByte/s)

Systembeschreibung der SR 8000 F1

Die innovative Architektur der SR 8000 F1 ermöglicht die Nutzung des Vektor-Programmiermodells und des skalaren SMP ("symmetrischer Multiprozessor")-Cluster-Programmiermodells im gleichen Rechner. Erreicht wird dies dadurch, dass in einem SMP-Knoten acht von dessen neun superskalaren RISC-Prozessoren mit je 1,5 GFlop/s Spitzenrechenleistung durch Hardware und Software zu einer virtuellen Vektor-CPU mit effektiv 12 GFlop/s Spitzenrechenleistung zusammengefasst werden können. Bei einer traditionellen Vektor-CPU werden vektorisierbare Rechenoperationen über ein Fließband ("Vektor-Pipe") abgewickelt, mit dem pro Takt ein oder mehrere Speicherinhalte (also z. B. Zahlen) an die CPU geliefert werden. Bei der Hitachi SR 8000 F1 wird die vektorisierbare Rechenoperation dagegen auf 8 der 9 Rechenwerke eines SMP-Knotens aufgeteilt ("COMPAS") oder einzelne Speicherinhalte lange vor ihrem Gebrauch in die Register geladen ("PVP"). Dies hat den zusätzlichen Vorteil, dass alle Rechenwerke achtfach nutzbar sind und nicht nur die in traditionellen Vektor-CPUs mehrfach vorhandenen Floating Point Pipes. Zur dabei erzielbaren relativ hohen Effizienz der Knoten tragen zwei Eigenschaften der SR8000 F1 besonders bei:

Pseudo-Vektor-Processing

Erweiterungen von Hitachi am POWER-Befehlssatz von IBM zur Verbesserung der Hauptspeicherzugriffe verringern dieses derzeit größte Defizit RISC-basierter Höchstleistungsrechner.

Abb.2.: Pseudo-Vector Processing auf der SR 8000 F1

Diese von Hitachi Pseudo Vector Processing (PVP) genannte Eigenschaft wird vom Compiler dazu genutzt, je nach Struktur der Hauptspeicherzugriffe die Daten direkt aus dem Hauptspeicher oder über den Cache zur Verfügung zu stellen (siehe Abb. 2).

Damit sind auch im ungünstigsten Fall 12% der CPU-Spitzenleistung aus dem Hauptspeicher saturierbar, während diese Zahl bei derzeit verfügbaren RISC-SMP-Systemen um oder sogar unter 3% liegt ("echte" Vektorrechner wie die VPP700 erreichen hingegen um die 25%).

COMPAS

Co-operative Micro Processors in single Address Space (COMPAS) nennt Hitachi die automatische Verteilung der Rechenlast in Schleifen auf die acht Prozessoren eines SMP-Knotens durch den Compiler (Autoparallelisierung) und die begleitende Hardware-Unterstützung für die Synchronisation (z.B. Cache-Synchronisation aller acht Prozessoren am Anfang und am Ende eines parallelen Codestücks).

Diese Eigenschaften kommen selbstverständlich auch solchen Programmen zugute, die den Knoten als achtfach-SMP-Knoten über MPI und/oder OpenMP nutzen. Damit bietet das System Hitachi nicht nur für die 75% Benutzer, die nach einer Erhebung in Bayern vektorisierbare Programme anwenden, sondern auch für die verbleibenden 25% Perspektiven zur Erzielung höchster Rechenleistung. Als Preis für die große Flexibilität werden relativ lange Compilierzeiten erwartet.

Abb.3: Autoparallelisierung mit COMPAS

Als Besonderheit weist das Unix-Betriebssystem HI-UX/MPP einen einheitlichen Dateisystemraum für alle Knoten auf, d.h. es bietet aus Sicht der Dateisysteme ein Single System Image. Mit dem Striping File Feature (SFF) ist es dabei möglich, Dateisysteme über mehrere Serverknoten zu erstrecken, um eine hohe Bandbreite für den (parallelen) Zugriff auf Dateien zu ermöglichen, etwa bei Verwendung vom MPI-I/O.

Es ist möglich, das gesamte Rechensystem in einzelne Partitionen zu unterteilen und zwar sowohl als logisch völlig getrennte Subsysteme wie auch als (möglicherweise überlappende) Partitionen zur Aufteilung der Ressourcen für Rechenaufträge. Jobs können "eingefroren" werden, um ihre Ressourcen vorübergehend anderen Jobs zur Verfügung zu stellen.

Eine Übersicht von Hitachi über das Rechensystem Hitachi SR 8000 F1 findet man unter der URL

http://www.hitachi-eu.com/hel/hpcc/index.htm

Software und Entwicklungswerkzeuge

Als Betriebssystem kommt ein POSIX.1003.2-basiertes¹ Unix zum Einsatz: HI-UX/MPP. Folgende Compiler werden zur Verfügung stehen:

•  

• C

•  

• C++ (zunächst nur als Precompiler nach C, native Compiler erst ab 1. Quartal 2002)

•  

• Fortran 77

•  

• Fortran 90

Durch die Verwendung eines gemeinsamen Compiler-Back-Ends ist es möglich, in allen Sprachen die COMPAS (Autoparallelisierungs)- und PVP (Vektorisierungs)-Features der SR 8000 F1 auszunützen. Als Debugger wird das bereits von Cray und VPP her bekannte Totalview verfügbar sein.

An Tools und Bibliotheken zur parallelen Programmierung wird es auch nicht fehlen:

•  

• OpenMP 1.0 wird unter Fortran und C++ unterstützt

•  

• MPI 2. Vollständige Implementierung, insbesondere Parallel-I/O und dynamische Prozessgenerierung. Sowohl zwischen Knoten als auch Intra-Node (MPP) möglich.

•  

• PVM 3.3.10

•  

• High Performance Fortran (HPF) Version 2.0

•  

• Linda soll ab Mitte 2000 verfügbar sein.

Ein wichtiges Werkzeug zum Profiling von MPI-Programmen, VAMPIR, ist leider erst für das 3. Quartal 2000 in Aussicht gestellt. Darüber hinaus sind folgende Softwarepakete bzw. -produkte zugesagt:

•  

• BLAS, LAPACK, ScaLAPACK und NAG: auf die SR 8000 F1 optimierte Versionen dieser Bibliotheken.

•  

• Hitachi’s proprietäre MATRIX/MPP Bibliotheken für Lineare Algebra, schnelle Fouriertransformation und Zufallszahlen. Große Sparse-Matrizen werden ebenfalls unterstützt.

•  

• Zur Archivierung von Daten ist ein ADSM-Client vorgesehen.

•  

• Als Batch-System wird ein NQS-Derivat (OSCNQS) zum Einsatz kommen.

Kurse

Die Firma Hitachi hat sich bereit erklärt, noch in diesem Jahr einen Rechner mit 2 Knoten zu Testzwecken am LRZ aufzustellen. Das wird es dem LRZ ermöglichen, vermutlich schon vor Lieferung der ersten Ausbaustufe Kurse zur Einführung in die Bedienung der SR 8000 F1 anzubieten. In einer der nächsten Ausgaben der LRZ-Mitteilungen wird es eine Ankündigung mit Terminen geben; man beachte auch die Kurzmitteilungen des LRZ.

_________

¹ POSIX.1003.2 ist für fast alle Varianten von Unix der Standard für die Programmierschnittstelle zum System. Damit soll möglichst weitgehende Portabilität von Anwenderprogrammen auf Ebene des Quellcodes gewährleistet werden. POSIX-Konformität war aus diesem Grunde auch eine Anforderung des LRZ bei der Beschaffung des HLRB

Horst-Dieter Steinhöfer
Reinhold Bader
Matthias Brehm
Wolf-Dietrich Schubring
E-Mail: Bader@lrz.de

 

Anhang

Aktuelle Landes-, Campus- und Sammellizenzen am LRZ

Zurzeit können mehrere Software-Produkte für Zwecke der Lehre und Forschung zu günstigen Bedingungen über das LRZ bezogen werden.

Dieser Anhang enthält sowohl eine Kurzbeschreibung dieser Programme als auch eine Übersichtstabelle, die deren Verfügbarkeit an verschiedenen Plattformen zusammenfasst. Landeslizenzen sind gesondert gekennzeichnet. Umfangreiche Produktsammlungen sind kursiv dargestellt.

Weitere Einzelheiten sind unter

http://www.lrz-muenchen.de/services/swbezug/lizenzen

zu finden.

			Plattformen
Produkt		Landes-Lizenz?	Personal-Computer	Unix- Systeme
3D Studio MAX	3D-Animationssoftware der Firma Autodesk		Win 95 Win NT
Adobe	Verschiedene Software-Produkte der Firma Adobe		Win Mac	nur einige Produkte für verschiedene Unix-Systeme
AIT	Cray-Workstation-Verbindungswerkzeuge	Ja		SunOS 4.1 Irix 3.3 + Ultrix 4.1
AFS	verteiltes Dateisystem			X
AMD	Autodesk Mechanical Desktop Zusatzpaket zu AutoCAD für die 3D- Konstruktion im Anwendungsbereich Maschinenbau		Win 95 Win NT
AutoCAD	2D-/3D-Computer-Aided-Design-System der Firma Autodesk Release 13 oder 14		DOS Win	Solaris (nur Rel.13) HP-UX AIX Irix
AVS	Visualisierungssystem	Ja	Win	X
BSD/386	Unix-Implementierung für PC		PC ab 386
Corel	Verschiedene Softwarepakete der Firma Corel Word Perfect Suite u.a.		DOS Win Mac	Gängige Unix-Plattformen
DECcampus	Anwender- und System-Software der Firma DEC			Versch. DEC-Betriebs-Systeme
ERDAS	Rasterbildsoftware		Win	X
ESRI	Geographische Informationssysteme		Win	X
FTN90	Fortran-90-Compiler der Firmen NAG und Salford		DOS Win Linux
FuLP	Verschiedene Softwareprodukte der Firma Inprise (vormals Borland)	Ja	Win DOS
HP-Software	Compiler und weitere System-Software der Firma HP			HP-UX 10.0
IBM-Software	Compiler und weitere Software der Firma IBM			AIX
IDL	Grafik- und Bildverarbeitung		Win Linux Mac	X
IMSL	Fortran-Unterprogrammbibliothek		X	X
KHOROS	Visualisierungssystem	Ja		X
Lars	Archivierungs- und Recherche-System (Bezug über ASKnet)		DOS Win
LRZ-Grafik	Grafikpaket	Ja	DOS	X
Maple	Computer-Algebra-System		Win Mac Linux	X
Mathematica	Computer-Algebra-System		Win Mac Linux	X
Micrografx	Verschiedene Produkte aus dem Bereich Grafik	Ja	Win
MLA	Netware und weitere Produkte der Firma Novell		X
NAG	Fortran-Unterprogrammbibliothek	Ja	DOS	X
OnNet	TCP/IP für PCs (Bezug über ASKnet)		Win
OnNet32	TCP/IP für PCs (Bezug über ASKnet)		Win
OSF/DCE	Verteilte Anwendungen			X
OSF/Motif	Toolkit für Window System X11			X
PC/TCP	TCP/IP für PCs (Bezug über ASKnet)		DOS Win
PC-TeX	Textsatzsystem Tex (incl. LaTeX)		Win
Pro/Engineer	CAD/CAM-3D-Modellierer für den Bereich Maschinenbau	Ja	Win	X
SAS	Statistik-Programmsystem		Win
ScholarPAC	Software und Betriebssystem-Wartung von Sun Microsystems GmbH		X 86 (Solaris für PC)	Solaris
Select	Microsoft-Software aus den Bereichen Anwender-, System- und Server-Software		DOS Win Mac
Softbench	CASE-Tool			HP-UX SunOS 4.1.x Solaris 2.x
Dr. Solomons Anti-Virus Toolkit	Software zum Schutz gegen Computerviren	Ja	DOS Win OS/2 Mac Netware
SPSS	Statistik-Programmsystem		Win Mac
SPSS Science	Statistik-Software-Pakete (AllClear, AMOS, BMDP Classic, DBMS/COPY, DeltaGraph, LogXact, Systat, SIGMAStat und weitere Produkte)		X
StarOffice	Office-Paket der Firma StarDivision		DOS Win Linux Mac OS/2	Solaris Irix
SYSTAT	Statistik-Programm		Win Mac
Trumpet Winsock	TCP/IP für MS-Windows (mit PPP)		Win 3.X
TUSTEP	System von Textverarbeitungsprogrammen		DOS Win Linux
UniChem	Quantenchemieprogramm	Ja		Irix 3.3.1 + Irix 4.0.1 +
Varsity	Compiler und weitere Software der Firma SGI			Irix

X: auf allen gängigen Plattformen der jeweiligen Rubrik verfügbar

+: diese Systemversion oder höher

Kursiv gedruckt sind die Namen umfangreicher Produktsammlungen